据1983--1986年广西海岸带和海涂生物资源调查资料,合浦沿海海洋生物共1500多种。其中有儒艮、文昌鱼、鲎、海龟、海豚等珍稀动物,也有多种鱼类、甲壳类、贝类。陆地及淡水植物815种,有经济价值的450种。乔灌木有300种,81科,225属。陆地及淡水的动物种类更多,淡水鱼一类就有50多种,虾35种,蟹191种,益虫类也有8目、44科、307种。
植物以红树林植物最为著名,常见种有木榄、红海榄、桐花树、白骨壤、秋茄、老鼠篙、苦槛兰、卤蕨,滨海红树林可净化环境,也可以防浪抗潮、保护堤围,促进潮滩涨淤。它对于县境海湾、河口生态平衡起着重要作用。山口镇英罗港南部的红树林是全县现存最高大的红树林,自成林后堤围从未崩塌,堤外潮滩现已涨淤高出堤内水田1-1.5米。红树林下饵料丰富,有利于水生生物繁衍,林间还常见多种鸟类。红树林主要分布沿海滩涂,据1974年调查,全县尚有红树林89214亩,1979年下降到32708亩。80年代以来,红树林的价值被重新认识,面积有所扩大。1987年调查为46590亩。主要分布于县境东南山口、白沙及西南部西场等乡镇。1990年国务院批准在山口建立“国家级红树林生态自然保护区”。
海洋动物主要有哺乳类的儒艮、海豚、鲸、爬行类的海龟、玳瑁,经济鱼类,头索动物文昌鱼,甲壳类的蟹、虾,软体动物类的贝、蛤、蚶、尤鱼等。 全县已查明的金属矿有30多种,非金属矿有数十种,大部分矿产集中连片,储量韦富,品位高,易于开采。主要有:石英砂、黄金、石油、钛铁砂、三氧化二钪、黄玉、锆石、金红石、粘土、高岭土、石膏、石灰石、火山灰、花岗岩、玄武岩、钾长石、水晶、无烟煤、褐煤、泥炭土、油页岩、褐铁矿、菱铁矿、镜铁矿、黄铁矿、铅锌矿、重晶石、独居石、云母、磷钇矿、磷灰岩、辰砂、硬锰矿、.锡石、辉锑矿、金、铜、釉泥等等。公馆盆地的矿产有铅锌矿、黄铁矿、重晶石等;铁山港沿岸有石灰石及无烟煤、褐铁矿、花岗岩;县北部丘陵有褐煤、陶土、泥炭等;滨海及南流江沿岸有钛铁矿、石英砂等矿产。