这个三个月有效期是指：在签证签出当日起，三个月之内使用有效，也就是你提到的“三个月内必须去一次”不使用就等于自动放弃。因为你的签证是三年多次往返，那么只要你在三个月内入境日本，就可以了，这和何时回来没有关系
