学院于1980年由国家筹建，是我国最早接收外援的项目之一，是国家计划生育委员会直属的唯一一所高等院校。
·1980年，学院名为南京计划生育干部培训中心，单纯承担我国计生战线干部的培训任务。
·1984年更名为南京计划生育管理干部学院，开始招收成人大专学生。
·1991年更名为南京人口管理干部学院，从单纯的培训计划生育管理干部扩展为培养人口及经济社会发展需要的各类人才。
·1994年招收成高大专起点本科生，并与复旦大学联合举办人口硕士研究生班。
·1995年招收普通高等教育大专生。
·1998年招收普通高等教育本科生。
·2001年元月，根据《国务院办公厅转发教育部等部门关于调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构实施意见的通知》（国办发[2001]11号）精神，划归江苏省管理，实行省、部共建的管理体制。
2013年7月23日，南京人口管理干部学院并入南京邮电大学，同时撤销南京人口管理干部学院的建制。
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