北京大学（微生物理论研究比较强） 复旦大学（微生物技术比较好） 南京大学（理论研究） 山东大学（有国家重点实验室实力很强）武汉大学（病毒研究比较好） 云南大学（放线菌研究还有国家放线菌实验室） 农业类：中国农大（根瘤菌研究国内权威）华中农大（固氮研究）南京农大（环境微生物研究与产业联系很好）广西大学，在植物病菌上的研究很深入上面的大学都是在国内生物方面算有影响的大学，西南大学的生物技术学院的微生物要更好一点。
