这件事应该怎么做？

按照你的职责来说，你做的没错。
可生活中你要明白一点，规定是死的，人是活的。
为人处事只有圆滑一点才能和朋友相处的好。
我认为这种不是大事，你又不是正的纪委，对于这种违纪行为应该睁一只眼闭一只眼，不然太认真你只会把身边的朋友得罪光。

难道你是傀儡吗，还是木偶，你怎么能任凭同学呼来呵去的，你这职位一点效力都没有啊，如果你真想当，可以直接和老师班主任讲，能者上庸者下。另外有些事有些人，也要适当权衡，不是说什么就是什么，人家找个理由借口，你可以去证实再下结论吧。真是说谎，大胆登记，如果是实情就要酌情处理了。最后你这个职位真没有什么正当性，要么不干，要干就要找老师班主任来通过适当途径获取，

为人处事，方式方法最重要，我也不太懂说说我的看法，大不了不干了，这种活就是费劲不讨好，老师没给你封官，你同学封的官没有实质作用，而且没准他就是利用你再替他挡子弹呢，仔细想想看，为啥他要找一个助手专门拿笔记人名，他自己这点功夫没有吗。还有这同学为啥只跟你个副手吵，跟正的不敢闹哄，谁都不想得罪人，自己想出头就别受别人控制。 然后呢，如果你觉得你是领导的话，这件事就凭你觉得理由是假的就假的了吗？你们的调查呢，最基本的询问，找证人，就多问一句话，当时谁知道你们宿舍没锁门了，有证人了，这事就过去了，如果你把这件事替同学考虑考虑一下，为同学们着想多一点，我相信你会是个好领导，如果你一心想上马，一心配合领导的话，这工作不干也罢，，再说了，现在还上学，善待每一个同学，没准毕业了再见面不会尴尬了，没准谁辉煌呢

你作为一名副纪律委员，也是班干部，应该负责任的，班里早上少来一个学生该报上去，但是你们已经大一了，都是成年人了，有时候该包容就得包容，你打手机或者找他平时关系好的同学问一下，就知道结果的，毕竟不想被老师批评，还要几年的大学生活，和谐团结最好

我想不通你是怎么认定人家在撒谎的
你又没有去他宿舍看，也没有问他舍友，你就说人家是编的，你的理由又是什么呢？
我觉得你可以和班长，还有纪律委员敲定，以后早读点名就以实际到场为准，如果谁有事要耽误早读，提前发信息给你，因为你是直接管这事情的，如果没有提前说，就记名，这个决定告诉同学们。
这样大家以后就不会有什么纠纷了，大家同学一场，为这点小事吵起来没意思。