经陈子龙整理后的《农政全书》，比起原稿，“大约删者十之三，增者十之二”，共六十卷五十余万字，分为十二目。十二目的分类由徐光启本人创制，包括：《农本》；《田制》；《农事》；《水利》；《农器》；《树艺》；《蚕桑》；《蚕桑广类》；《种植》；《牧养》；《制造》；《荒政》。
