A、有氧呼吸的三个阶段的场所分别为：第一阶段在细胞质基质（③）第二阶段在线粒体基质（②）第三阶段在线粒体内膜（①），A正确；
B、光补偿点下，光合作用合成的有机物与呼吸作用分解的有机物一样多，光合作用合成有机物所需的能量完全来自与光反应产生的ATP，而呼吸作用分解有机物释放的能量只有一小部分合成了ATP，大部分能量以热量的形式散失了，所以光反应产生的ATP大于呼吸作用产生的ATP，B正确；
C、⑤为叶绿体基粒，进行光反应，光照下光反应产生NADPH、ATP，直接用于暗反应的场所叶绿体基质（④），O2通过④运输出细胞，C正确；
D、适宜光照和温度下，③处（细胞质基质）进行有氧呼吸的第一阶段，产生丙酮酸和[H]，并没有CO2，CO2是第二阶段②产生的，D错误．
故选：D．
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