肥西县广为第四系土壤堆积物覆盖,仅在中西部部分有较多基岩出露,面积约300平方公里。全境大部分为中新生代陆相地层。县境西北高,东南低。中北部属江淮丘陵,江淮分水岭自西向东北横穿而过,中西部有一系列低山,低山绵延25千米,大潜山海拔289米,为全县最高点。地形起伏多变,岗冲相间,落差较大。东南为巢湖盆地,湖河沿岸有狭长的冲积平原。