你好，以我的观点来看：
既然要读研，那可以先不用急着去考证，毕业了再去考注册的第一科目基础。
我认为你目前给出的选择里面，学习PKPM是当务之急，不过我的建议是多学软件，PKPM算是比较傻瓜的软件了，老一辈的人用得比较多，除此之外，sap2000、midas、ansys都是需要掌握的哦，上手不难。一学期，四软件入门不是问题。
至于设计院实习，我大三暑假去了中铁二院，整体感觉，学到的是设计院的总体、宏观的流程、了解设计院的工作而已，也是有好处的。
好好学习软件，对你有好处，另外在基础扎实的前提下，大学学到最多的应该就是课设和毕设了，规范滚瓜烂熟才行。对自己要求要高，才能有所成绩。
共勉！
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