A、探究温度对酶活性影响，温度是自变量，A错误；B、模拟探究细胞大小与物质运输关系，正方体琼脂块的体积是自变量，B错误；C、探究植物生长调节剂对扦插枝条生根作用，插条生根数是因变量，C正确；D、探究光照强弱对光合作用强度影响，单位时间内小圆形叶片上浮的数量是因变量，D错误．故选：C．
