上位机应该只开发界面。你的采集命令应该由串口发送指令到FPGA板子上进行IO操作。串口通信的函数不多，最难的是指令。熟悉你的FPGA板子的指令，写串口通信的程序就容易。
要是有资金的话，还是买一块采集卡得了。
