目前是没有合并成一个证的，至于以后会不会那是以后的事。现在这两个证是必须同时具备的。生产许可证的主管部门是质监局，化妆品的卫生许可证主管是食品药品监督管理局。具体到各省市一些申请、资料准备上可能会有差异，最好还是到当地的主管部门去问清楚。
