一汽大众和上海大众是不同的两个厂，一汽大众是大众跟一汽合资的公司，上海大众是大众跟上汽合资的公司，合资方不同，你可以理解成同父异母的兄弟。
两个厂有各自生产不同的车型，至于说选择嘛主要是看你要买哪个车型了而不是看哪个厂生产的。因为两家生产的车型不一样，所以不存在竞争的关系，质量上也都是一样的，毕竟生产线和品控都是大众负责的。而且两家都有大众的杀手锏产品，上海大众有途观、帕萨特，一汽大众有高尔夫、迈腾、CC，都是各个级别市场里占有量很高的车型。
所以你要说区别吧，就是生产的车不一样，质量绝对一样的。
两者资产结构里有百分之五十的股权持有人不同，生产车型不同，生产地不同。
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