没明白你的意思，我两个都说了吧，如果是引导型病毒必须两个硬盘都重写MBR。如果你是区分不了哪块硬盘主硬盘是HDD0 从盘是HDD1，看号，要么看容量，如果容量一样有固件版本号也能区分，再说重写MBR对你硬盘数据没影响，实在分不清两块硬盘全重写。
一个引导区引导一个系统。你要两个系统就需要两个引导区。跟装多少个硬盘没关系。你安装100个硬盘。一个系统只需要一个引导区即可
