我名下有两辆车，其中一辆有违章，影响另一辆年检吗？

不会影响，另一辆车在年检之前要把该车的违章处理了才能年检。

根据《机动车登记规定》规定：
第四十九条 机动车所有人可以在机动车检验有效期满前三个月内向登记地车辆管理所申请检验合格标志。
申请前，机动车所有人应当将涉及该车的道路交通安全违法行为和交通事故处理完毕。申请时，机动车所有人应当填写申请表并提交行驶证、机动车交通事故责任强制保险凭证、车船税纳税或者免税证明、机动车安全技术检验合格证明。
车辆管理所应当自受理之日起一日内，确认机动车，审查提交的证明、凭证，核发检验合格标志。
第五十条 除大型载客汽车、校车以外的机动车因故不能在登记地检验的，机动车所有人可以向登记地车辆管理所申请委托核发检验合格标志。申请前，机动车所有人应当将涉及机动车的道路交通安全违法行为和交通事故处理完毕。
申请时，应当提交机动车登记证书或者行驶证。车辆管理所应当自受理之日起一日内，出具核发检验合格标志的委托书。
机动车在检验地检验合格后，机动车所有人应当按照本规定第四十九条第二款的规定向被委托地车辆管理所申请检验合格标志，并提交核发检验合格标志的委托书。被委托地车辆管理所应当自受理之日起一日内，按照本规定第四十九条第三款的规定核发检验合格标志。
营运货车长期在登记以外的地区从事道路运输的，机动车所有人向营运地车辆管理所备案登记一年后，可以在营运地直接进行安全技术检验，并向营运地车辆管理所申请检验合格标志。

不会影响另外一辆车的年审，但还是建议将车辆的违章进行处理。如果你以前所有的车辆有违章不处理的，应该尽早支处理好，否则可能会影响你的信用记录的。
根据公安部《机动车登记规定》，车辆进行初次登记时，并没有对以前拥有车辆的所有人必须处理好违章的规定，而且车辆违章原则上在未处理前是只与车辆有关而不确定的具体的违章行为人的，要在处理违章时才能有具体的驾驶员来承担违章责任。