佛珠手串上的佛头佛塔算不算珠子数？

可以不计数。关于可不可捻母珠问题，
1.若修密宗，则需看各修法要求仪轨规定，如《金刚顶瑜伽念珠经》指示修密者：
珠表菩萨之胜果　　于中间绝为断漏
　绳线贯串表观音　　母珠以表无量寿
　慎莫蓦过越法罪　　皆由念珠积功德
若修密，欲观想佛珠即是佛菩萨的，应依仪轨，应按照修法要求以何指捏何珠等，实较为复杂，可查经文。
不见余经有说，如《佛说木患子经》诸多经典，均未说此。

佛教导航中，达真堪布这样回答：
问：捻念珠时，是不是转到母珠那里，不可以越过母珠？
上师解答：藏地没有这样的说法，可以越过母珠。但是内地有这些说法，所以不越过母珠也行。我们要恒顺众生、恒顺年代、恒顺地区，不能太固执了。佛法是圆融的，我们要圆融一点。如果你身边的同修道友都认为不应该越过母珠，心里有障碍的话，你就给他好好表法，不越过母珠也行。
净空法师对此回答如下
问：请问使用佛珠念佛时，是否可以越过母珠？
答：可以。但世间一般有个习俗，特别是初学者，最好不用念珠里面嵌著佛像的这种念珠。对佛像要尊重，手拈著念珠头，摸著佛像，这不太恭敬。真正念佛人不用这种念珠，就没有顾忌了。

因此，可见如欲修密，应根据个别密教修法经文仪轨。有的有要求，如修金刚顶瑜伽，有的则无要求，如达真堪布开示。而显教则仅作计数之用，没有特别需观想念珠即是佛菩萨，所以没有规定不可过母珠。