会扣分，摩托车驾驶证和轿车驾驶证已经合证，共享12分，即使摩托车的牌号和轿车牌号不一样，摩托车有违章记录，也会扣轿车的分数。机动车合证后，分数仍然是12分，驾驶证上会以增驾车型分类给予区分，例如：同时考取了轿车和摩托车驾驶证的驾驶员，驾驶证上会显示为：C1D。
