1、覆盖人群不同。职工医保主要覆盖企业职工、灵活就业人员等；新农合主要覆盖农村户籍居民。2、缴费标准不同。职工医保的缴费标准要远远高于新农合。且职工医保按月缴费，退休后不再缴费；新农合按年度缴费，且要终身缴费。3、待遇不同。职工医保由于筹资水平远远高于新农合，所以所享受的医保待遇也远远高于新农合。
