社保报销医疗费用时是否扣除商业保险已经报销的金额？有没有相关的法律依据呢？

目前国家的医疗保险是实行的补偿原则，也就是说无论是新农合，还是社保，商保之间都是互补的而不是重复的，如果一个5000的发票在新农合只报了2000，那说明它里面还包含一些自费药品等一些不可报销的项目，而每种保险的报销都是一个用药标准，那所用的自费药在新农合不能报在商保/社保也是不能报的，商保或社保都会扣除其它方的报销金额再在限额范围内报余额。也就是说如果有一些自费项目产生无论你买了多少份医保，你照样要自付那一部分钱。只有涉及残疾或身故才是所有保险累计赔付。

对的，这是正常的。

我国的医疗是补偿性质的，不管在什么地方购买了保险，报销均不会超过你的医疗总额的。

还有，你提到一个细节，就是在农合报了，然后去保险公司，最后去社保，你真的报过吗？
也许你到了社保处，是没有办法继续报销的。

为什么呢？
因为社保和新农合，都属于国家医保，那么其报销必须使用你的原件才可以，而你有新农合报销一次后，原始发票会被收回的。
所以最多可以报2次。

另外，医疗保险的报销是按比例进行的，一般在70%左右浮动。其报销的比例和多少跟自己的检查和用药情况，医疗等级等因素有关。举个例子就比较清晰了，A类药品可以享受全报，C类就需要全部自负费用，而B类报80%，自负20%的比例。

某人用掉医药费总计9000元，而报销公式是这样的：（9000-800《起付线》-自费药）*70%，如果说自费药占据很大比例，其报销下来是没有多少金额的。

商业保险公司部分报销后应该要加盖已报销多少的批注再退回发票的，如果没有，你拿回来再找社保就可以继续按全额报销了。

这个很复杂，要看农村合作医疗具体规定，还有商业保险的条款。我们这边有社保的人是不参加农村合作医疗的。农村合作医疗只给没有社保的人参加。商业保险条款会具体规定的，具体看保单就知道了。