①分解有机物，释放能量是线粒体的功能，叶绿体的功能是合成有机物储存能量，①错误；②叶绿体和线粒体都是具有双层膜结构的细胞器，②正确；③叶绿体和线粒体中都含有少量DNA，③正确；④叶绿体能产生氧气，线粒体吸收氧气，④错误；⑤线粒体中有氧呼吸的第二阶段水是反应物，叶绿体中光反应阶段，水是反应物，⑤正确；⑥叶绿体中含有与光合作用有关的酶，线粒体中含有与呼吸作用有关的酶，⑥正确．故选：B．
