对于湖泊、水库而言，其污染物也主要来自各入湖河流带来的工业废水和城市污水以及直接排入的各类污水。此外，湖泊中来往船只排污、湖水养殖投饵，湖区周围土壤中残留的化肥、农药和其他污染也可以通过农田回水和降雨径流进入湖泊。湖中各种水生动植物死亡后经微生物分解的残留物也可以污染湖泊。有些生物还能把一些毒性本来不大的无机物转化成毒性大的有机物并在食物链中传递浓缩，使污染危害加重据全国主要湖泊水库富营养化调查，在所调查的34个湖泊中54%受到污染，近80%的湖泊透明度差，绝大多数处于富营养化状态。其中以巢湖、滇池最为严重，全湖水质为V～劣V类。湖泊、水库水的污染，使周围城市产生水质性缺水危机。
对地下水而言，污染主要来自三方面。一是大量使用的各种农药、化肥，(中国仅2000年产量即达3247万吨)，其残留物随大气降水向地下渗透，使地下水受到污染；二是城市垃圾和各种工业废弃物无序堆放，其渗滤液和雨水淋溶物向地下渗透；三是地下水过量开采，地下水位降低，导致海水或苦咸水侵入，造成污染中国环渤海地区和胶东半岛有1200多平方公里发生海水倒灌，使青岛、烟台、威海严重缺水。广西过去多以喀斯特溶洞水作城市水源，后来由于砷、镐等有害物质及细菌污染，贵港、河池、合山等城市都不得不放弃而别辟蹊径。
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