研究所现设有植物病害、农业昆虫、农药、分子植病、有害生物天敌、农业有害生物监测预警、生物入侵、生物农药、杂草鼠害以及功能基因组与基因安全10个研究室，全面涵盖了当今植物保护学科的内容，基本形成了植物病理学、农业昆虫学、农药学、杂草鼠害科学、生物安全学以及功能基因组学等学科。综合处、科研管理与国际合作处、党办人事处三个职能部门以及后勤服务中心、廊坊科研中试基地和农药厂三个支撑部门。植物病虫害生物学国家重点实验室、农业部农药化学与应用技术重点开放实验室、农业部植物病虫害抗性监督检验测试中心、国家转基因农作物检测与监测中心(北方)、农业部生物防治重点实验室、农业部外来入侵生物预防与控制中心、中美合作生物防治实验室、内蒙古锡林格勒草原有害生物防治野外试验站、中国植物保护学会以及中国植物保护标本馆等均依托本所。
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