如果是官能团异构体的分离，通常比较容易，因为官能团异构体通常彼此物性相差很大，比如乙醚和正丁醇，两者完全可以通过分馏方法分离。最难分离的是光学异构体，通常涉及手性拆分，一般是利用形成的盐在手性溶剂中溶解度的差异来分离。
