截至2014年3月，学校设有闽南师范大学文学院、闽南师范大学外国语学院、闽南师范大学法学与公共管理学院、闽南师范大学历史系、闽南师范大学数学与统计学院、闽南师范大学物理与信息工程学院、闽南师范大学化学与环境学院、闽南师范大学计算机学院、闽南师范大学教育科学学院、闽南师范大学体育学院、闽南师范大学商学院、闽南师范大学生物科学与技术学院、闽南师范大学艺术学院、闽南师范大学新闻传播学院、闽南师范大学海外教育学院、闽南师范大学继续教育学院、闽南师范大学教师教育学院、闽南师范大学马克思主义学院、闽南文化研究院等19个二级学院。
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