A、基因工程通常是以改造生物的遗传特性为目的，所以基因工程的产物不一定是人类需要的蛋白质，A错误；B、基因工程中的目的基因通常是天然的，它控制合成天然蛋白质，因此基因工程获得是自然界原有的蛋白质，B错误；C、蛋白质工程并不是直接改造蛋白质，而是改造某种基因，对这种基因控制合成的蛋白质进行改造，C错误；D、蛋白质工程可以创造新的、自然界中不存在的蛋白质，D正确．故选：D．
