我觉得最好是现在就去申请个人申根旅游签证（看你的说明不是团队游签证）。由于你是个人游申根签证，应该会要求你提供宾馆的预定单（如果你通过携程预订宾馆，建议选择那些可以提前全额退款的宾馆，携程需要你全额支付了费用才可以给你宾馆预订单），机票预定单（仅仅预定不需要出票），同时还需要你全程的保险和旅行安排。
所以我觉得如果可以，你还是申请西班牙或者葡萄牙的申根个人旅游签证。如果你还是去申请法国的，那么意味着你所有的行程，酒店，机票必须填写法国目的地。而最终你目的地是葡萄牙和西班牙。当然你持有法国的申根签证完全可以从葡萄牙或者西班牙入境。
同时，你可以申请放弃你3月底结束的申根签证，重新申请一张涵盖你所有旅行的申根签证。商务签证是可以这样做的。
你仔细看清楚签证，会写着单次还是多次。申根签是要求你在多少天之内可以待多少天。。。这个要你自己看，比如90天之内多次，最多停留30天。。。意思就是你在3个月内可以去申根国，可以多次往返，但是逗留总天数必须在30天之内。
可以的，放心吧
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