A、自然选择通过作用于个体来影响种群的基因频率，A正确；B、某物种基因频率的变化标志着生物进化了，但不能标志一个新物种的产生，B错误；C、能否交配产生可育后代是判定两种生物是否是同一物种的有效方法，C错误；D、生物进化的实质是种群基因频率的定向改变，D错误．故选：A．
