1、发生的时期不同：
基因突变：有丝分裂、减数分裂（间期）
基因重组：减数分裂（四分体时期、后期）
2、产生的原因不同：
基因突变：（物理、化学、生物因素）诱发产生、自发产生
基因重组：自发产生
3、导致的结果不同：
基因突变：可以产生新的基因
基因重组：不会产生新的基因,只是非等位基因的重新组合（产生新的基因型）.
4、适用范围不同：
基因突变：所有的生物都可能发生.（如：病毒也可以）
基因重组：只是适用于真核生物的有性生殖.
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