随着19世纪末，20世纪初物理学的进步，以及核技术的崛起，应用物理专业逐渐作为一个单独的学科从物理专业中细分出来，应用物理专业更强调物理学在国民工业当中的应用，物理专业则侧重于理论的研究。我国有的高校的物理系则是既包含物理学专业，也包含了应用物理专业。中国大部分高校都设有应用物理专业，并且也有比较长久的历史。1926年，清华大学物理系成立。许多著名物理学家如叶企孙、吴有训、任之恭、周培源等教授都曾在物理系任教。
清华物理系培养出了不少著名科学家，如王淦昌、钱伟长、周光召等是其中的优秀代表。诺贝尔物理学奖获得者：李政道、杨振宁博士都曾在清华物理系学习过。解放以来，应用物理专业作为物理系的一个专业方向，在各大高校逐渐设立，几乎所有的高等学府都建立了物理学系，其中据不完全统计，设有应用物理专业的院校共有170余所。
解放以后，我国曾进行了大规模院系调整，很多原工科院校的物理系合并调整，有的工科院校干脆就不再设物理学专业，只留下部分物理教学人员。另一方面，根据国务院的指示，为培养理工结合的新型人才，开创和发展我国的原子能科学技术，在部分学校成立了工程物理系。当时的工程物理系或者应用物理系基本上相当于现 在的核工程与核技术专业。仍旧能够看到这一遗留现象，很多应用物理专业的主要研究领域仍旧是核专业。
中国很多高校提出建设一流的综合性大学，在这种背景之下，很多高校恢复了物理系或者应用物理系。我国大多数高等院校都设有应用物理系，或者在物理系内设应用物理专业，一大批理工结合的人才从应用物理专业涌现出来，在应用物理专业又大力加强了电子技术和计算机技术方面的基础研究。如我国的北京大学物理系、中科大的应用物理专业、上海交通大学应用物理系、西安交通大学的理学院应用物理专业、北京科技大学（原北京钢铁学院）应用物理专业、中科院物理所等等。国际上最著名的学府如美国麻省理工学院、美国宾夕法尼亚大学、英国剑桥大学、日本的东京大学等都设有应用物理专业（AppliedPhysics），主要研究的课题包括核技术、宇航技术、固体物理、凝聚态物理、声、光、电学的基础开发和应用等。
应用物理学专业排名2013-2014年中国大学本科教育分专业排名如下： 排 序学校名称水 平开此专业学校数1中国科学技术大学5★1722南京大学5★1723清华大学5★1724哈尔滨工业大学5★1725上海交通大学5★1726电子科技大学5★1727西安交通大学5★1728北京邮电大学5★1729北京科技大学4★17210中南大学4★17211北京航空航天大学4★17212山东大学4★17213北京理工大学4★17214大连理工大学4★17215华中科技大学4★17216同济大学4★17217东南大学4★17218华南理工大学4★17219太原理工大学4★17220吉林大学4★172
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