完全酶切：用足够的限制性内切酶以充分的时间去处理DNA分子,使DNA中所有可能的靶位点都被切割。 部分酶切：限制酶处理DNA时因酶量或反应时间不足,以致DNA的靶位点只有一部分被裂解。 两种酶切的优缺点： 完全酶切：长度不均一，是黏性末端，但有可能使目的基因断开，大小不可控。 部分酶切：片段长度可控，含有黏性末端便于连接，目的基因完整。
