财政部门作为政府采购的直接监督管理部门，是有权对采购合同内容进行审批的，所以你遇到的条款是符合法律规定的，事件处理难度在于如何去实际操作，甲方（采购人）与财政管理部门是不同的单位，存在沟通困难，政府部门的通病。
1、建议先咨询财政管理部门的意见，沟通出一个解决方案，能否补上缺失的备案手续，签订补充协议。同时尽量争取甲方的支持，按财政的要求提供相应的文件，不用甲方担责，还是很好说话的。
2、你所遇到的条款早已存在，只是各地政府采购管理部门使用情况不同而已。
3、补充协议有效的，“第四十九条 政府采购合同履行中，采购人需追加与合同标的相同的货物、工程或者服务的 ，在不改变合同其他条款的前提下，可以与供应商协商签订补充合同，但所有补充合同的采购金额不得超过原合同采购金额的百分之十”
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