尽管二者都是把物质激发后检测其荧光，但二者的区别很大，从大的方面看主要有两点:一、激发光源不同。原子荧光用的光源很多，如各种激光等，但很少见有用X-射线的;而X-射线荧光则是用X-射线作激发光源。二、用途不同。原荧主要用来作定量分析，尤其是金属元素的定量分析;而X荧主要用来作定性分析和结构分析。当然二者的仪器构造、使用方法、检测范围、样品制备等等都不一样。欢迎指正、补充。
