按股权转让收入扣除股权原值后的余额征收个人所得税。根据国家税务总局《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》第四条规定: 个人转让股权,以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额,按“财产转让所得”缴纳个人所得税。合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费。