你从日本回来的时候办没办再入国，如果没办，学校拿去就拿去吧，因为你没办在入国，你想在回去也回不去了，除非学校重新给你出手续重办，你要是办理再入国的话，你能回去。学校手里拿的不只是你得护照，还有你没到期的签证。再有就是，护照就相当于一个人的身份证，进本上拿护照去办什么都可以，身份证能办的事拿护照也能办（除了银行卡等）。你放心把自己的身份证放在学校里一年么？
当然不合理,是违法的.因为你已经回来了.
不合理.扣押护照是违法行为.
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