1941年1月1日,析原莒县南部九、十两区和七、八两区部分地域建莒南县,成立抗日民主政府。建县后,区划调整为汀水、大店、路镇、洙边、扁山、壮岗、坪上7个区,区下设乡。
1942年1月,撤销原区、乡编制,并建立行政村。全县设18个区和2个镇。
1942年9月,沭河以西的汀水、许口两区划属莒临边办事处,莒中县的坡子、涝坡划入莒南县,这时莒南县的区划调整为12个区:路镇、涝坡、陡山、大店、沟头、筵宾、扁山、洙边、壮岗、团林、薛庆、址坊。
1942年5月,团林区划属日照县。是年9月复划归莒南县。
1943年5月,薛庆、址坊两区划属日照县。
1945年2月,壮岗、团林两区80余村庄划属卢山县。
1945年9月,卢山、莒临、沭水3县撤销,原分属3县的团林、壮岗、汀水、许口、板泉、新建、兴云等7个区划属莒南县。日照县的薛庆、址坊两区又划归莒南县。这时莒南县辖17个区和2个镇,17个区分别是:路镇、大店、沟头、洙边、许口、汀水、扁山、涝坡、址坊、薛庆、筵宾、陡山、新建、兴云、板泉、团林、壮岗,2个镇为十字路镇、大店镇。
1947年7月,全县区划调整为10区60乡。
1949年3月,将全县60个乡改划为164个小乡(包括路镇、坪上、大店、板泉4个区辖镇)。
1950年11月30日,全县10个区改按序号称,路镇、涝坡、大店、汀水、岭泉、板泉、洙边、桑庄、坪上、壮岗依次改为一至十区。
1952年2月,第九区北部增划为第十一区,第二区北部增划为第十二区,第六区东南部和第七区西部增划为第十三区,全县共13个区,区领乡,共163个乡。
1955年9月30日,区名改用区政府驻地名称,唯一区、四区、八区、十二区、十三区分别称为路镇区、汀水区、桑庄区、薛庆区和三义区,十字路镇划为直辖镇。此时全县13个区,1个直辖镇。
1956年3月,临沭县撤销,其青云、夏庄、蛟龙、玉山四区划属莒南县,此时全县17个区,1个直辖镇
1958年1月,区、镇制撤销,全县设置23乡:路镇乡、涝坡乡、大店乡、石莲子乡(原汀水区)、岭泉乡、板泉乡、相沟乡(原三义区)、洙边乡、坊前乡(原桑庄区)、坪上乡、壮岗乡、朱芦乡、文疃乡(原薛庆区)、韩村乡(原青云区)、夏庄乡、蛟龙乡、朱仓乡(原玉山区)、筵宾乡(原大店区南部)、道口乡(原汀水区南部和岭泉区西部)、相邸乡(原桑庄区西部)、团林乡(原坪上区南部和壮岗区东部)、白旄乡(原青云区西部)、周庄乡(原夏庄区南部)。8月初,撤销周庄乡、道口乡和朱芦乡,其所属村庄分别并入夏庄乡、岭泉乡和坪上乡,这时全县共20个乡。
1958年8月23日,撤乡建立20处人民公社:灯塔社(路镇)、友谊社(相邸)、超美社(筵宾)、红旗社(板泉)、和平社(朱仓)、跃进社(壮岗)、超英社(相沟)、友好社(洙边)、建华社(坊前)、红星社(文疃)、大山社(坪上)、红光社(团林)、上游社(涝坡)、卫星社(岭泉)、旗帜社(大店)、英雄社(石莲子)、曙光社(韩村)、东方红社(白旄)、太阳升社(夏庄)、幸福社(蛟龙)。11月成立莒南人民公社,原20处人民公社改为莒南人民公社的20个生产管理区:路镇、大店、涝坡、筵宾、石莲子、岭泉、板泉、相沟、洙边、坊前、相邸、坪上、壮岗、团林、文疃、韩村、朱仓、白旄、夏庄、蛟龙。12月,莒南人民公社撤销,20处管理区恢复为人民公社。
1959年3月,路镇人民公社改称石泉湖人民公社(1960年3月又改称路镇人民公社),9月,大山人民公社南部增划为坪上人民公社。
1961年8月,临沭县建置恢复,韩村、白旄、朱仓、夏庄、蛟龙5公社和40个管理区划归临沭县,莒南县存16处人民公社、128个管理区。
1963年1月,16处人民公社改称区,管理区改称人民公社。1971年4月22日,区复称人民公社,128处人民公社仍称管理区。
1981年10月26日,许口人民公社改称石莲子人民公社。12月26日,路镇人民公社撤销,恢复十字路镇。
1984年4月,撤销16处人民公社,置21乡、4镇,辖934个行政村(987个自然村)。
1985年5月,文疃乡、壮岗乡、小官庄乡、狮子口乡分别改称文疃镇、壮岗镇、王家沟乡、陡山乡。
1993年全县辖19乡、6镇,935个行政村(994个自然村)。