526年发生“六镇之乱”后，平城陷废，武州山石窟寺逐渐沉寂冷落。
607年，炀帝北巡塞外，归途曾经游幸云冈石窟。
630年，唐朝李靖平突厥，收复雁北，640年，移云州及定襄城于恒安，第二年，守臣重建大石窟寺，有俨禅师等曾对云冈石窟佛像进行过修理。
672年，俨禅师又一次修建，并称石窟寺为“孝文石窟”。据考证，第三窟是云冈最大的石窟，前面断崖高25米，中上部凿有12个方形石孔。
窟分前后两室，后室雕一佛二菩萨的三尊“西方三圣”大像，两颊腴润，体态丰满，形态自然，衣纹流畅，此窟从雕造手法判断，应为隋唐时期的作品。
初唐时，有数位僧人用不同形式对云冈石窟做了描述，其中最著名者有《广弘明集》的作者道宣与宋昱的《题石窟寺·即魏孝文之所置》。
682年，突厥攻陷云州，城池荒废。
730年，复置云州及云中县。
742年，筑大同军城于云中。不久，诗人宋昱北上，写下了《题石窟寺·即魏孝文之所置》五言诗，诗中写道：“梵宇开金地，香龛凿铁围。影中群像动，空里众灵飞。”出神入化，贴切入微的描绘，突出了云冈石窟引人入胜的艺术风貌。
之后，云冈石窟就一度阒寂无闻了。
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