（1）因为是研究酸雨对小麦发芽是否有影响的实验，所以变量是酸性物质的溶液，实验组是培养皿中加入含有酸性物质的溶液乙，放清水的甲是对照组． （2）因为是研究酸雨对小麦发芽是否有影响的实验，所以变量是酸性物质的溶液；影响发芽率的外界因素有温度、空气、水分，所以还应控制的影响实验的相关因素有温度和空气． 故答案为：（1）甲；乙． （2）酸性物质的溶液；温度、空气．
