员工离职，已提交离职信，但没打招呼已自己没再上半，要怎么算工资？

要分两种情况。
第一种情况是该员工尚属试用期内，按劳动合同法规定只需提前三天通知用人单位即可。那么他7月1日提交离职书，到7月5日离职，则是合法的。至于离职批不批，那就不关他的事了。员工是通知用人单位，不是去请示。你一定要把这个概念传达给你的领导，让他意识到不能抱有官僚主义思想。
因为是合法的，所以你没有理由不发员工的工资。如果届时员工告公司拖欠工资，倒是公司有了麻烦。

第二种情况是员工已转正，那么他要离职的话，需要提前30天通知用人单位。如果你反映的情况属于此类，那么员工则是明显违反了公司的管理制度，不来上班那是旷工啊，那你们就按照自己内部制度处理。如果要以此与员工解除劳动合同的话，因过错在员工方，所以用人单位无需支付补偿金和赔偿金。如果造成公司损失的话，也可以通过法律途径向员工索赔。以儆效尤（主要针对公司内部还有可能像此员工一样会自动离职的）。
但是，因为员工的工资是员工合法劳动所得，你不能扣押或克扣。你只能就公司损失另外向员工索赔。两种概念不要混淆。

要发的，但是你可以晚点发，首先让他过来把该交的东西交了，办好离职手续后再发。还有的单位在签劳动协议的时候就写明的，正式员工离职需提前一个月，没有提前一个月的，需要以工资代替辞呈。