可以。但Qpcr是为了基因表达定量，所以要确保引物扩出来的是你想要的片段。如果上下游引物都在同一个外显子，可能会以RNA提取时残留的基因组DNA作为模板进行扩增，导致实验数据不准确。如果一定要在同一外显子，那么在设计引物之后一定要通过软件预测一下是否会出现非特异扩增（当然，跨外显子的也是要的）。最好还说选择跨外显子的引物，一个跨或两个都跨都可以。
把引物设计到不同外显子上的主要目的是区别扩增产物是来自DNA还是RNA。
如果扩增产物来自DNA，那么中间会包括内含子的长度；如果来自RNA，那么扩增产物会比DNA的短。这样就可以避免来自DNA的干扰，从而定量RNA。
所以如果你对自己的RNA样品有信心，能保证其中没有DNA污染，那么可以使用来自相同外显子的引物。如果想保险一些，那么最好使用来自不同外显子的引物。
（别让我完善答案，能回答清楚问题就够了，说那么多废话凑字数有什么用。）
上下游引物,可以在相同外显子上(理论)
实际上,pcr的上下游引物和外显子需要分开处理,这样方便分析,方便筛选,方便操作.(实际)
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