三证合一后如果已经在国税局做过税号变更，取得的旧税号的发票就不能再认证了。应该在去国税局做税号变更前，把取得的发票全部认证完毕 并做报税处理。
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纳税人办理税号更换时，应确认其原有税号的进项发票已全部认证。若仍有之前尚未认证旧税号发票，建议用旧税号登录网上认证，或者携带发票到办税大厅进行认证。一般来说，次月增值税纳税申报应到柜台进行申报。 具体建议按主管税务局的征管要求办理认证、申报。
