没有关系，只是不同神话说的不一样。 封神演义里说是师兄弟；西游记没有关系。因为两个人的实力实在差的太远了，菩提老祖精通三家（佛家，道家，儒家）西游记里菩提老祖说过：攒簇五行颠倒用，功完随做佛和仙。意思就是说跟着我学本事，等你出师就能想做佛就做佛，想做仙就做仙。这么霸气的言论不是如来和太上老君能说的出来的。如来佛祖是沙门的领袖三佛之首；菩提老祖是人界圣尊（开天辟地之前就成仙了）。
