该飞机的主要机载装备是：驾驶与领航仪表、自动驾驶仪、通信与指挥电台、无线电罗盘和高度表、信标接收机、敌我识别器、轰炸雷达、后视雷达、轰炸光学瞄准具等。这些装备保证了该机的全天候作战性能。
轰-6的武器装备是：机头部装有1门23毫米口径机炮；机身上、下和尾部个装有2门23毫米口径机炮。配备弹数量为1800发；机身中部设大型弹舱，该弹舱可装载常规炸弹、核弹等，最大载弹量为9000公斤。翼下可挂2枚空对地导弹。
