1、中介公司自拟的《补充协议》如果有协议各方签字盖章，并且没有违反合同法中关于协议无效的规定(例如违反法律行政法规的规定，违反第52条-54有关规定的)，这种协议应该有效。
2、关于违约金与定金条款，参考合同法第116条。在协议中可以作出约定，但是当事人可以选择适用。所以中介公司自拟的《补充协议》虽然没有做出约定，但是根据担保法的规定，定金罚则依然适用。
3、“包括北京市建委和市工商局拟定的《北京市存量房屋买卖合同》在内的其他几个合同与该《补充协议》发生冲突时，均以该《补充协议》为准。”这样的约定是否有效需要考虑以下问题:
(1)北京市建委和市工商局拟定的《北京市存量房屋买卖合同》仅仅是一种范本，本身没有效力，也不存在强制性适用问题--除非实践中备案登记手续一般要求用规范文本。楼主的意识可能是你们用这个范本签订了一份买卖合同把。
(2)各方签订了《北京市存量房屋买卖合同》应该也同时办理了网上签约备案手续了吧--如果已经办理，那么按照黑白合同的原则，在同一内容不同约定发生冲突时应该以备案合同为准--除非双方自愿按照不备案的合同进行。
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