新手求助关于perl--如何打开fsa文件以及提取数据

首先，文件名应该用双引号"或单引号'引，而不是反引号`引。
其次，不应该是一行算一个序列吧，应该是遇到顶头的>算一个序列吧。
因此，要统计序列数目：
#!/usr/bin/perl

$filename = "sequence.fsa";
open(FILE, $filename) || die("Couldn't read file $filename\n");
while （$line = ）{
if($line =~ /^>/ ){
$seq_num ++;
}
}
print $seq_num;
close FILE;

要想打印gi后的编号：
#!/usr/bin/perl

$filename = "sequence.fsa";
open(FILE, $filename) || die("Couldn't read file $filename\n");
while （$line = ）{
if($line =~ /^>gi|([0-9]+)/ ){
print ($1 . "\n");
}
}
close FILE;

输出到新文件可以使用命令行重定向符>，例如：perl 程序名.pl >list.txt
或在程序中打开然后写文件，类似 收获者888 的代码：
#!/usr/bin/perl

$filename = "sequence.fsa";
$outname = "list.txt";
open(FILE, $filename) || die("Couldn't read file $filename\n");
open(OUTFILE, $outname) || die("Couldn't open file $outname\n");
while （$line = ）{
if($line =~ /^>gi|([0-9]+)/ ){
print OUTFILE ($1 . "\n");
}
}
close FILE;
close OUTFILE;

以上代码中文件名都是相对路径，即运行时当前目录，需要将那个sequence.fsa拷到当前目录再执行。

另外，如果不能运行，请将出错提示贴上来，便于分析。