①研究光合作用产物中氧气的来源和噬菌体侵染细菌的实验中都用到了同位素标记法，①正确；
②孟德尔提出遗传定律的研究方法是假说演绎法，②正确；
③DNA的双螺旋结构利用了构建了物理模型的方法，研究种群的数量变化利用了构建数学模型的方法，③正确；
④探究酵母菌细胞呼吸方式设置有氧和无氧2个实验组进行对比，④正确；
⑤细胞器分离根据其比重不同可用差速离心法，色素的分离根据其在层析液的溶解度不同导致在滤纸上的分离速度不同，用的是纸层析法，⑤错误．
故选：B．
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