上海交通大学和复旦大学都属于教育部直属的综合性研究型的985大学,实力相当,排名伯仲之间。上海交大在工科学科上实力突出;复旦大学在文理学科、特别在理学学科实力非常强。如学工科,就选上海交大;如学文理科,就选复旦大学。在这两个学校之间做选择,还是以专业为先。以上所言,仅供参考。