和一家国企签订了三方协议，实习后就不想去了，到学校的报到证已经正常派遣，我的档案该怎么拿回来？

首先，不需要违约金。说实话，敢在劳动合同里写违约金，我很佩服这个公司，你拿这个合同去劳动局举报劳动局可以罚这个企业的款。
顺便说一下，国企也只是企业，还是要按劳动法走的。话说在劳动合同里面加违约金一般是骗子的套路，我很怀疑你是不是遇到骗子了。
对了，顺便说一下，第三方协议的约束比劳动法还要低。
至于拿回档案，现在档案都是保存在人才市场，你去当地人才市场办调档案的手续就行了，了不得就是在你家的城市和档案所在的城市来回多跑几趟。假如档案真的在国企那（虽然可能性不高），你可以报警，或者找劳动局。
说实话，看你的描述，我怎么看都感觉你遇到骗子了，我当初刚工作的时候，骗子也是这个套路。

你死定了。这本身就是一个骗局！
你那什么国企？
我大专时，有个很牛逼的，声称是什么fookbook（不会拼写，反正就是那个很牛掰的外企）的来招人，招玩电脑软件的，各种表格幻灯片的，工资5000一个月。你想想，坐在办公室里，吹着空调，敲着键盘，5000块到手，谁不想？于是我们班就有两个同学去了。
结果，人家说要先培训，培训完才给上岗。听着似乎还算正常，照办。接着又要你叫培训费，一万多。为什么？因为人家怕你培训完了，什么都会了，却不在他那里干，折本。但是学生拿不出这么多钱怎么办？诶，贷款。于是他便叫你在网贷上贷款（不用你找哪个网贷，有个网贷专门跟他们合作，其实就是合伙诈骗）我们班的同学就这样做着黄粱美梦、稀里糊涂的都已经签合同、搞网贷、回到宿舍跟我们吹牛逼了。在我们的再三质疑下，他们才意识过来，被骗了，于是纷纷想毁约，但是人家公司不愿意。后来，还得找家长来。在家长的强硬态度下，那个公司收了3000元违约金灰溜溜的跑了，再无消息。
你的违约金跟我那个同学一样，都是不多不少的3000，真的很可能被骗，你也准备好找爸妈过来吧。
我去年在燕京工作，合同首签3年，含实习期3个月。而我后来只干了10个月，受不了三班倒走人了，结果呢？不仅没有什么交违约金，更是什么资料档案全给回来，根本就用不着你问“我要交违约金吗？我能拿回档案吗？”这才是真正的企业！

大学生毕业后，档案会由学校发回原籍，有了正式工作后由单位调档，个人不能提档。三方协议只是一个实习协议，学生是可以另外找工作的，不存在违约金的问题。

成年后要为自己行为负责
安排岗位在协议上是否注明
如已注明 到岗之后与协议上职位不符 可以辞职或走法律程序
如未注明 属于个人过失 强制违约需支付违约金