油性的颜料可用甲苯稀释，有较强的渗透力，尤其适合在描图纸(硫酸纸)上作图；水性的颜料可溶于水，通常用于在较紧密的卡纸或铜版纸上作画。在室内透视图的绘制中，油性的马克笔使用得更为普遍。水性的特点是色彩鲜亮且笔触界线明晰；和水彩笔结和用又有淡彩的效果。缺点是重叠笔触会造成画面脏乱，阴纸……油性的特点是色彩柔和笔触优雅自然，加之淡化笔的处理，效果很到位。缺点是难以驾驭，需多画才行。
水性马克笔虽然比油性马克笔的色彩饱和度要差，但不同颜色上的叠加效果非常好。在墨线稿上反复平铺，墨水泛上来与水性马克笔的颜色相混合，形成很漂亮的中间灰色。重的阴影是用油性马克笔压上。故水性马克笔有几支基本色就可以了.
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