不一定是方波，也有用正弦波的。看具体电路和芯片的要求。
锁相放大器锁定的是相位，当然用方波更精确。
如果用正弦波，还是要转成方波才能比较相位。
锁相放大器在测量输入信号时，需要给锁相放大器提供参考信号。当使用外部参考信号时，需要用内部的锁相环PLL来锁定外部参考信号的相位，方波信号可以提供稳定的相位值。当然，也可以提供其他类型的参考信号如正弦波信号、三角波信号等，不过，这些参考信号在进入到锁相内部后，还会被转化为方波信号。锁相放大器的应用介绍，可以参见这里：网页链接
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