公司的做法不合理，加班工资的计算基数是劳动合同各项工资的总和，约定不明确的以实际发放的工资为计算基数。您公司明显是少支付了一部分加班工资。劳动仲裁时效一年，一年以前的加班费因为超过时效不支持，只能起诉支付一年的加班费差额。克扣工资劳动者可以以此为由解除合同并要求支付经济补偿金。您可以去申请劳动仲裁，咨询立案庭工作人员。
公司做法违返劳动法规定，双休日加班，不能安排补休的工资按200%支付，法定节假日一律按300%支付。
